Năm 1800, ngày 28 tháng 6, Chính Tổ đại vương mất đột ngột ở Nghênh Xuân hiên (迎春軒) của Xương Khánh cung (昌慶宮) khi chỉ mới 48 tuổi. Ông đã không kịp nhìn thấy giấc mộng chính trị cả đời mình được thực hiện bởi người con trai, Triều Tiên Thuần Tổ[2][cần dẫn nguồn]. Đến tận bây giờ vẫn có rất nhiều tài liệu lịch sử bàn về cái chết bí ẩn của Chính Tổ.

Ông được dâng thụy hiệu là Kính Thiên Minh Đạo Hồng Đức Hiển Mô Văn Thành Vũ Liệt Thánh Nhân Trang Hiếu Đại vương (敬天明道洪德顯謨文成武烈聖仁莊孝大王), miếu hiệu là Chính Tông (正宗), được mai táng tại Kiện lăng (健陵, 건릉, Kŏnnŭng), ngày nay tọa lạc ở Hoa thành.

Thời Đại Hàn Đế quốc, Cao Tông truy tôn ông làm Chính Tổ (正祖), thụy hiệu là Tuyên Hoàng đế (宣皇帝).